增值稅一般納稅人企業在生產經營中，從農業生產者手中購進的農產品，可以憑取得的收購憑證和銷售發票抵扣增值稅進項稅額。那么，企業購進農產品進項稅額計算扣除的方法有哪些？

增值稅一般納稅人在農產品的采購過程中，會從不同身份的供應商采購農產品，而企業從不同的供應商采購的農產品，其進項稅額扣除率和計算抵扣的方法也是不同的，具體表現在如下幾種情況：

一是提供農產品的企業為增值稅一般納稅人，則企業購進農產品進項稅額計算扣除的方法為，銷貨方開具的增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上，注明的增值稅稅額為可以抵扣的進項稅額，也就是可以直接勾選認證抵扣。

二是提供農產品的企業為簡易方法計稅的增值稅小規模納稅人，則企業購進農產品取得銷貨方開具3%的增值稅專用發票計算扣除的方法為，以增值稅專用發票注明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。

其計算公式為，進項稅額=發票上注明的金額*扣除率。

比如，某農產品初加工企業，9月份向增值稅小規模納稅人企業購進農產品一批，金額為50萬元，增值稅稅額為1.5萬元。計算該批購進農產品可以抵扣的進項稅額。

進項稅額=50萬元*9%=4.5萬元。

也就是購進農產品的企業可以按照4.5萬元抵扣當期的進項稅額，而不是按照1.5萬元。

三是提供農產品為農業生產者時，則企業購進的農產品，可以憑企業自行開具的農產品收購發票或銷貨方到當地稅務機關開具的農產品銷售發票，注明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。

另外，企業購進用于生產銷售或委托加工13%稅率的農產品，按照農產品買價和10%的扣除率計算進項稅額。也就是，農產品深加工企業增值稅扣除率為10%。

其計算公式為，進項稅額=買價*扣除率。

比如，甲企業為農產品深加工企業，5月份從農業生產者手中購進農產品一批，其全部價款為100萬元，且甲企業向農業生產者開具了收購發票。計算該批購進農產品可以抵扣的進項稅。

則甲企業可以抵扣的進項稅額為，進項稅額=100萬元*10%=10萬元。

需要強調的是，企業采購農產品取得的免稅普通發票，是不得計算抵扣進項稅額的，也就是不得作為計算抵扣進項稅額的憑證。

企業購進農產品即用于生產銷售或委托受托加工13%稅率貨物，又用于生產銷售其他貨物服務的，需要分別核算用于生產銷售或委托受托加工13%稅率貨物和其他貨物服務的農產品進項稅額。

而如果企業沒有分別核算的，則以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅為進項稅額，或以農產品收購發票或銷售發票上注明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。

另外，對煙葉稅企業按規定繳納的煙葉稅，準予并入煙葉產品的買價計算增值稅的進項稅額，并在計算繳納增值稅時予以抵扣。購進煙葉準予抵扣的增值稅進項稅額，按收購煙葉實際支付的價款總額和煙葉稅及20%的扣除率計算。

總之，企業向增值稅一般納稅人收購農產品，其進項稅額的抵扣按取得的增值稅專用發票注明的增值稅稅額為可以抵扣的進項稅額；向小規模納稅人收購農產品，其進項稅額的抵扣，按增值稅發票注明的金額和適用的扣除率計算抵扣進項稅額；向農業生產者收購農產品，按買價和適用的扣除率計算抵扣進項稅額。